Ефективне виконання завдань, покладених на ДОЦОІКЦ, забезпечується роботою адміністрації та фахових відділів:
- директор
- заступник директора
- вчений секретар
- відділ облікової та методичної роботи
- відділ розгляду науково-проектної документації
- відділ з науково-інформаційних послуг
- відділ «Робоча група по підготовці тому «Звід пам'яток історії та культури Дніпропетровської області»